با پیروزی انقلاب اسلامی، آمریکا که منافع خود را در ایران از دست رفته می‌دید، تلاش‌های گسترده‌ای را برای براندازی این نظام نوپا آغاز کرد. علاوه بر فعالیت‌های گسترده‌ی جاسوسی و ایجاد غائله‌های قومی در نواحی مرزی ایران که با محوریت سفارت آمریکا در تهران سامان‌دهی می‌شد، سازمان جاسوسی آمریکا (CIA ) هم طرح فونیکس (phoenix ) را برای مقابله با انقلاب اسلامی مردم ایران طرح‌ریزی کرد. بر اساس این طرح، باید سران نظام نوپای اسلامی از میان برداشته می‌شدند تا جمهوری اسلامی به زانو درآید.
1-نقش‌های متعدد و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در جمهوری اسلامی در کنار پافشاری ایشان در مقابله با جریان‌های منحرف و بیگانه، منافقین کینه‌توز را که وابستگی آن‌ها به بیگانگان در شرایط آن روز روشن شده بود، به تصمیم خطرناکی رساند. تنها با گذشت یک هفته از تصویب عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر در مجلس و پس از بیانیه‌ی منافقین در اعلام جنگ مسلحانه با نظام، آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد قرار گرفتند. حضرت امام رحمه‌الله بلافاصله پس از ترور، در پیام خود پرده از چهره‌ی عوامل ترور برداشتند: «اینان آنقدر از بینش سیاسی بی‌نصیبند که بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است.»
استدلال‌های آیت‌الله خامنه‌ای در مورد خیانتهای بنی‌صدر به گونه‌ای بود که در جلسه‌ی نهایی بررسی عدم کفایت سیاسی رییس‌جمهور در مجلس، نمایندگان موافق با عدم کفایت، با در اختیار قرار دادن وقت خود، از ایشان خواستند تا در آن جلسه هم صحبت کنند. حضور آیت‌الله خامنه‌ای در پشت تریبون در حالی که کیف بزرگی از اسناد را به همراه آورده بودند، تعجب خیلی‌ها را از میزان خیانتهای بنی‌صدر در طول مدت 16 ماهه‌ی ریاست جمهوریش برانگیخت و بالطبع دشمنی‌های زیادی را از سوی سازمان منافقین و گروه فرقان به عنوان حامیان بنی‌صدر برای آیت‌الله خامنه‌ای به بار آورد.
2-محافظ بیسیم را برداشت. کدشان «حافظِ هفت» بود. «مرکز 50- 50»؛ این رمزِ آماده‌باش بود، یعنی حافظ هفت مجروح شده. کسی که پشت دستگاه بود، بلند زد زیر گریه. محافظ یک‌دفعه توی بیسیم گفت: «با مجلس تماس بگیر.» اسم دکتر فیاض‌بخش و چند نفر دیگر از پزشک‌های مجلس را هم گفت؛ «منافی، زرگر، ... بگو بیایند بیمارستان بهارلو.»
بیرون از مسجد، آیت‌الله خامنه‌ای لحظاتی به هوش آمدند اما بلافاصله از هوش رفتند. در بین راه بیمارستان هم چند باری به هوش آمد و دوباره از هوش رفتند؛ ایشان هر وقت به هوش می‌آمدند شهادتین می‌گفتند. لب‌ها و چشم‌ها تکان می‌خوردند؛ خیلی کم البته. ابتدا ایشان را به درمانگاهی در همان نزدیکی‌ها در خیابان قزوین بردند اما کاری از دست کسی بر نمی‌آمد و باید ایشان را به جای دیگر می‌بردند. در این بین پرستاری که فهمید ایشان آیت‌الله خامنه‌ای، امام جمعه تهران هستند، بلافاصله به محافظین گفت یک کپسول اکسیژن همراهشان ببرند اما انگار کسی صدای او را نشنید برای همین هم کپسول را برداشت و خودش را به ماشین رساند. پایه‌های کپسول را تکیه دادند روی رکاب ماشین، پرستار هم نشست بالای سر آقا. در تمام راه، ماسک اکسیژن را روی صورت آقا نگه داشت.
به لطف خدا، وضعیت آیت‌الله خامنه‌ای با تلاش پزشکان و بعد از انجام عمل جراحی و تزریق 37 واحد خون تثبیت شد و ایشان را برای ادامه درمان و تامین امنیت بیشتر به بیمارستان قلب شهید رجایی انتقال دادند. دکترها می‌گفتند آقا چند مرتبه تا مرز شهادت رفته و برگشته. یک‌بار همان انفجار بمب بود، یک‌بار خون‌ریزی بسیار وسیع و غیر قابل کنترل بود، یک‌بار هم جمع شدن پروتئین‌ها در ریه و حالت خفگی. همه‌ی این‌ها گذشت، اما بیمار تب و لرز شدیدی داشت. چند پتو می‌‌انداختند روی آقا. گاهی حتی دکترها بغلشان می‌کردند تا لرز را کمتر کنند. معلوم نبود منشأ این تب‌ها کجاست؟
3-ترورها کور نبودند، در واقع مبنای تحلیلی داشتند. اولش فکر کردند که با ترور رهبران حل می‌شود. بعداً دیدند لایه‌های دیگری هم وجود دارد. پس موتور ترور را متوقف نکردند، بلکه به لایه‌های بعدی هجوم آوردند تا شاید بتوانند به هدف برسند و البته ممکن نبود؛ برای این که ماهیت قدرت در ایران چیز دیگری بود. هدف در واقع این بود که یک خلأ قدرتی در کشور ایجاد شود و نیروهای سازمان‌یافته‌ی ترورکننده، جایگزین این قدرت شوند. یعنی هرج و مرجی پدید بیاید تا این‌ها بتوانند جایش را بگیرند. این اتفاق نیافتاد و ناموفق بود و حتی اثرات مثبت برای نظام داشت.
این اقدام مانند اقدام سال 58 در ترور شهید مطهری اثر خود را به جا گذاشت و باطل بودن اندیشه‌ی بنی‌صدر و طرفدارانش را به وضوح برای مردم روشن ساخت. اگر بنا بود این بطلان اندیشه از طریق مباحثات کلامی پیش رود، شاید سال‌ها طول می‌کشید اما با این اقدام ناجوانمردانه، یک‌شبه و یک‌روزه فساد خود را آشکار ساخت. ترور آیت‌الله خامنه‌ای اولین بارقه‌های خود را بر هواداران مردم‌سالاری دینی تابید. مردم به این فکر فرو رفتند که اگر رقیب حرف حساب دارد که نیازی به کشتار ندارد.
4-«ما منتظر بودیم که آقای بهشتی برگردند و از ایشان حال آقا را بپرسیم. یادم هست که من احوال را که پرسیدم، ایشان گفتند که الحمدلله از خطر گذشته است. یک جمله‌ای من در آن صحبتم گفتم و ایشان هم جوابی دادند که در ذهن من همیشه باقی مانده است. من پرسیدم که این بمب به کجا اصابت کرده است و طرف‌های مثلاً گلو و این‌جاها چطور است؟ آقای بهشتی هم که آدم باهوشی بود، خیلی زود مطلب را گرفت و گفت که آقای مهاجری مطمئن باشید که ایشان می‌توانند سخنرانی کنند. چون ایشان خطیب جمعه بودند و خوش‌بیان هم بودند، ایشان متوجه منظور من شد که آیا امام جمعه داریم یا نه؟»
یک روز قبل از انفجار محل حزب جمهوری اسلامی در سرچشمه تهران و شهادت آیت‌الله دکتر بهشتی که قاعدتاً آیت‌الله خامنه‌ای نیز باید در آن جلسه حضور داشتند، انفجار بمبی دست‌ساز در مسجد اباذر تهران، امام جمعه‌ی آن زمان تهران را میهمان بیمارستان بهارلو کرد. شهید آیت‌الله بهشتی از نخستین افرادی بود که برای بررسی اوضاع و خبرگیری از احوال آیت‌الله خامنه‌ای، از اعضای مؤسس حزب جمهوری اسلامی به بیمارستان رفت.
امام مرتب پیغام می‌دادند و از اطرافیان می‌پرسیدند که: «آقاسیدعلی چطورند؟» پیامشان هم ساعت دو بعد از ظهر 7 تیر پخش شد. دکتر میلانی‌نیا رادیو را گذاشت بیخ گوش آقا. آن موقع ایشان به هوش بودند؛ روح تازه‌ای انگار در وجودشان دمید، جان گرفتند.
5-چهار روز بعد از حادثه که آیت‌الله خامنه‌ای از وضعیت بحرانی ساعات نخست حضور در بیمارستان خلاص شده بودند و پس از انجام عمل جراحی وضعیت ایشان تثبیت شده بود، ایشان در مصاحبه‌ای با یک گروه تلویزیونی ضمن تشریح وضعیت خودشان در سخنانی خطاب به حضرت امام رحمه‌الله و ملت مسلمان ایران، از آنان به سبب پیام‌ها و ابراز محبت‌هایشان تشکر کردند.
بیتی که آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به پیام محبت آمیز امام رحمه‌الله خطاب به ایشان گفتند نشان از میزان ارادتشان به رهبر فقید انقلاب اسلامی ایران داشت:
بشکست اگر دل من به فدای چشم مستت سر خُمِّ می سلامت شکند اگر سبویی
آقا در مصاحبه‌ای خطاب به مردم فرمودند: «از امت مسلمان و قهرمان که این همه دارند فداکاری می‌کنند در جبهه‌ها و پشت جبهه‌ها، این همه دارند جان‌های عزیز و نفیسشان را در راه خدا می‌دهند، انتظار نداریم که در مقابل یک حوادث کوچکی از این قبیل اظهار نگرانی و احساس نگرانی کنند و ما را بیشتر از آن‌چه که شرمنده هستیم، شرمنده نکنند.»
6-خیلی از چهره‌های انقلاب برای عیادت می‌آمدند، اما آقا مرتب از شهید بهشتی می‌پرسیدند: «چرا همه می‌آیند، اما ایشان نمی‌آید؟» شک کرده بودند که یک خبرهایی هست. دور و بری‌ها هم مانده بودند که چطور به ایشان بگویند. دکتر منافی گفت بهترین راه این است که بگوییم حاج احمدآقا و آقایان رجایی و باهنر و هاشمی رفسنجانی بیایند و کم‌کم ایشان را مطلع کنند. جمع شدند، اما باز هم نتوانستند بگویند. گفتند فقط یکی دو نفر شهید شده‌اند.
آقا از جمع آن شهیدها به دو نفر خیلی علاقه داشت؛ دکتر بهشتی و محمد منتظری. اولین کسی هم که به بیمارستان بهارلو آمده بود، محمد منتظری بود. آقا اول پرسیدند آقای بهشتی چطورند؟ گفتند یک مقدار پاهایش مجروح شده است. آقایان که رفتند، ایشان رو کردند به دکتر میلانی‌نیا و پرسیدند شما از حال ایشان خبر داری؟ دکتر گفت: «بله، از وضعشان باخبرم.» پرسیدند: «مراقبت جدی از حال ایشان می‌شود؟ آن‌جا هم سر می‌زنید؟» بعد هم دکتر را سؤال‌پیچ کردند. دکتر میلانی‌نیا با بغض از اتاق زد بیرون. دوباره که آمد، آقا را دید که بچه‌های همراه را جمع کرده‌اند و ازشان بازجویی می‌کنند. دکتر دست و رویش را شسته بود. نشست و یکی یکی اسم همه‌ی شهدای حزب را به آقا گفت.
