پدر
شیخ حسنعلی اصفهانی(ره) فرزند علی اکبر فرزند رجبعلی مقدادی اصفهانی(ره)، در خانواده زهد و تقوی و پارسائی چشم به جهان گشود، پدر وی مرحوم ملاّ علی اکبر، مردی زاهد و پرهیزگار و معاشر اهل علم و تقوی و ملازم مردان حق و حقیقت بود و در عین حال از راه کسب، روزی خود و خانواده را تحصیل می کرد و آنچه عاید او می شد، نیمی را صرف خویش و خانواده می کرد و نیم دیگر را به سادات و ذراری حضرت زهرا علیها السلام اختصاص می داد.

در سال 1269 هجری قمری، دختری به وی عنایت شد که مادرش تا چهار ماه پس از وضع حمل حتی قطره ای شیر در سینه نداشت و آنچه دوا و دعا کردند، مؤثر نیفتاد. تا یکی از دوستان، او را به سوی مردی صاحب نفس به نام حاج محمد صادق تخته پولادی هدایت کرد.
ملاعلی اکبر به دلالت دوست خود، به حضور حاجی رسید و عرض حاجت نمود. حاجی به وی دستور داد تا هر چه دعا و دوا برای زوجه اش گرفته است، از وی دور سازد و خود،  در حبّه نباتی بدمید و فرمود تا آن را به زوجه خود بخوراند. با انجام دستور حاجی، پس از ساعتی شیر از سینه زن جریان یافت و به خارج راه گشود و همین امر سبب ارادت فراوان ملا علی اکبر به مرحوم حاج محمّد صادق(ره) گردید و مدت بیست و دو سال خدمت ایشان را به عهده گرفت و در این مدت، تحت تربیت و ارشاد وی به مقاماتی معنوی نائل آمد.

ملا علی اکبر در شهر، به کسب خود اشتغال می ورزید و در عین حال حوایج آن مرد بزرگ را نیز فراهم می ساخت و شبهای دوشنبه و جمعه به خدمت او می رفت و در تخت پولاد بیتوته می کرد.
مولود مبارک

ز طرف دیگر مرحوم ملا علی اکبر که فرزند ذکوری نداشت، عهد کرده بود که به اعتاب مقدسه مشرّف و متوسل شود تا خداوند پسری به او کرامت فرماید، این سفر که در سال یازدهم از خدمت او به مرحوم حاجی محمد صادق اتفاق افتاد با حامله شدن عیالش پایان پذیرفت و حاجی قبل از تولّد فرزند به او بشارت پسری داده و سفارش کرده بود که آن پسر را « حسنعلی» نام گذارد.
در سحرگاه یک شب که ملا علی اکبر در تخت پولاد، به خدمت استاد خود سرگرم بود، خبر شادی بخش تولّد نوزاد را از استاد خود می شنود و مجدداً در مورد نامگذاری کودک به « حسنعلی» توصیه می گردد. 
  مرحوم حاج شیخ حسنعلی اصفهانی شب دوشنبه و یا جمعه نیمه ماه ذی القعدة الحرام سال 1279 هجری قمری با بشارت قبلی مرحوم حاجی محمّد صادق در اصفهان در محلّه معروف به جهانباره که گویند میهمانسرای سلطان سنجر بوده است، دیده به جهان می گشاید. 
 تربیت دینی و معنوی در خردسالی

مرحوم ملا علی اکبر فرزند دلبند خود را از همان کودکی در هر سحرگاه که خود به تهجّد و عبادت می پرداخته، بیدار و او را با نماز و دعا و راز و نیاز و ذکر خداوند آشنا می ساخته است و از هفت سالگی او را تحت تربیت و مراقبت مرحوم حاج محمد صادق(ره) قرار می داده است.
 
خود مرحوم حاج شیخ حسنعلی اصفهانی نقل فرمودند:

« بیش از هفت سال نداشتم که نزدیک غروب آفتاب یکی از روزهای ماه رمضان که با تابستانی گرم مصادف شده بود، به اتفاق پدرم، به خدمت استاد حاجی محمد صادق، مشرّف شدم.

در این اثناء کسی نباتی را برای تبرک به دست حاجی داد. استاد نبات را تبرک و به صاحبش رد فرمود و مقداری خرده نبات که کف دستش مانده بود، به من داد و فرمود بخور، من بیدرنگ خوردم.

 پدرم عرض کرد: حسنعلی روزه بود. حاجی به من فرمود: مگر نمی دانستی که روزه ات با خوردن نبات باطل می گردد. عرض کردم: آری، فرمود: پس چرا خوردی؟ عرضه داشتم: اطاعت امر شما را کردم.
استاد دست مبارک خود را بر شانه من زد و فرمود: با این اطاعت بهر کجا که باید می رسیدی رسیدی. »
مقبره مرحوم حاج محمد صادق تخته فولادی 
 خلاصه ایشان از همان زمان، زیر نظر حاجی به نماز و روزه و انجام مستحبّات و نوافل شب و عبادات پرداخت و تا یازده سالگی، که فوت آن مرد بزرگ اتفاق افتاد، پیوسته مورد لطف و مرحمت خاص استاد خود بود و از آن پس نیز روح بزرگ آن مرحوم همیشه مراقب احوال او بود و در مواقع لزوم او را مدد و ارشاد می فرمود.
 جناب شیخ حسنعلی می فرمود:

« هر زمان که به هدایت و ارشادی نیازمند می شدم، حالتی شبه خواب بر من عارض می گشت و در آن حال، روح آن مرد بزرگ به امداد و ارشادم می شتافت و از من رفع مشکل می فرمود.
 از جمله پس از فوت مرحوم حاجی، شخصی به من اصرار می کرد که نزد مرشد زنده برویم و از ارشاد او بهره مند شویم. به دنبال اصرار او بود که حالتی شبیه خواب بر من عارض شد و در آن حال مرحوم حاجی را دیدم که آمدند و دست به شانه های من زدند و فرمودند: هر کس مثل ما آب زندگانی خورد، از برای او مرگ نیست، تو کجا می خواهی بروی؟ »

« ولا تحسبنّ الذین قتلوا فی سبیل الله امواتاً بل احیاء عند ربهّم یرزقون ».

و سخن حضرت امیرالمؤنین علیه السلام نیز مؤید همین معنی است که فرمود:
« الا انّ اولیاء الله لا یموتون بل ینقلون من دار الی دار:
آگاه باشید که اولیاء خدا را مرگ نیست بلکه از خانه ای به خانه دیگر نقل مکان می کنند. »

هرگز نمیرد آنکه دلش زنده شد به عشق
ثبت است بر جریده عالــــــــم دوام مـــا
 مرحوم حاج شیخ حسنعلی از دوازده تا پانزده سالگی، تمام سال، شبها را تا صبح بیدار می ماندند و روزها همه روز، بجز ایّام محّرمه، با ترک حیوانی روزه می گرفتند و از پانزده سالگی تا پایان عمر پر برکتش، هر ساله سه ماه رجب و شعبان و رمضان و ایام البیض هر ماه را صائم و روزه دار بودند و شبها تا به صبح نمی آرمیدند.

هر گنج سعادت که خدا داد به حافظ
از یمن دعای شب و ورد سحری بــــود
تحصیلات و اساتید

حاج شیخ حسنعلی اصفهانی از آغاز نوجوانی خود، به کسب دانش و تحصیل علوم مختلف مشغول شدند، خواندن و نوشتن و همچنین زبان و ادبیات عرب را در اصفهان فرا گرفتند و در همین شهر، نزد استادان بزرگ زمان، به اکتساب فقه و اصول و منطق و فلسفه و حِکم پرداختند.

از درس فقه و فلسفه عالم عامل مرحوم آخوند ملا محمد کاشی فایده ها بردند و فلسفه و حکمت را از افاضات ذیقیمت مرحوم جهانگیرخان و تفسیر قرآن مجید را از محضر درس مرحوم حاجی سید سینا پسر مرحوم سید جعفر کشفی و چند تن دیگر از علماء عصر آموختند.

سپس برای تکمیل معارف به نجف اشرف و به کنار مرقد مطهر حضرت امیرالمؤنین علیه السلام مشرف شدند. در این شهر، از جلسات درس مرحوم حاجی سید محمد فشارکی و مرحوم حاجی سید مرتضی کشمیری و ملا اسماعیل قره باغی استفاده می کردند.
فرزند ایشان  نقل می کند :
مرحوم پدرم، خود نقل می فرمود:

« نخستین روزی که برای زیارت و درک حضور مرحوم حاجی سید مرتضی کشمیری به محل سکونت ایشان در مدرسه بخارائیها رفتم، اتفاقاً روز جمعه بود و کسی را در صحن و سرای مدرسه نیافتم که جویای اطاق آن مرد بزرگ شوم؛ ناگهان از داخل یکی از حجرات دربسته، صدائی شنیدم که مرا با نام، نزد خود می خواند، بسوی اطاق رفتم، مردی در را به روی من گشود و فرمود: بیا، کشمیری منم. »
 و نیز پدرم می فرمودند:

« شبی از شبهای ماه رمضان، مرحوم حاجی سید مرتضی کشمیری به افطار، میهمان کسی بود. پس از مراجعت به مدرسه، متوجه می شود که کلید در را با خود نیاورده است.
 نزدیک بودن طلوع فجر و کمی وقت و بسته بودن در اطاق، او را به فکر فرو می برد، اما ناگهان به یکی از همراهان خود می فرماید: معروف است که نام مادر حضرت موسی، کلید قفلهای در بسته است، پس چگونه نام نامی حضرت فاطمه زهرا(س) چنین اثری نکند؟

آنگاه دست روی قفل بسته گذاشت و نام مبارک حضرت فاطمه سلام الله علیها را بر زبان راند که ناگهان قفل در گشوده شد. »

مرحوم حاج شیخ حسنعلی ( نخودکی ) ، پس از مراجعت از نجف اشرف، در مشهد مقدّس رضوی سکونت اختیار کردند و در این دوره از زمان، از محاضر درس و تعالیم استادانی چون مرحوم حاجی محمد علی فاضل و مرحوم آقا میر سید علی حائری یزدی و مرحوم حاجی آقا حسین قمی و مرحوم آقا سید عبدالرحمن مدرس بهره مند می گردیدند و در عین این احوال و در ضمن تحصیل و تدریس، به تزکیه نفس و ریاضات شاقّه موفق و مشغول بودند.

 در علوم باطنی ، نخستین استاد ایشان، مرحوم حاجی محمد صادق تخت پولادی بود که از هفت سالگی در تحت مراقبت و مرحمت مخصوص آن مرد بزرگ قرار گرفته؛ لیکن بعد از وفات او، به خدمت سید بزرگوار مرحوم آقا سید جعفر حسینی قزوینی که در شاهرضای اصفهان متوطن بود، راه یافت.

ایشان می فرمود:
« در یکی از سفرها که عازم عتبات عالیات بودم به شهرضا رفتم که شب عاشورا را در آنجا متشرّف باشم و مرسوم من چنین بود که از اول ماه محرم تا عصر عاشورا روزه می گرفتم و جز آب چیزی نمی خوردم، روز هشتم ماه محرم بود که خبر یافتم سیدی جلیل القدر در این شهر سکونت دارد؛ به امید و به انتظار ملاقات سیّد که از خلق منزوی می زیست، نشستم، تا آنکه برای تجدید وضو به کنار حوض آمد، پیش رفتم و سلام کردم، نگاه عمیقی به من افکند و پس از وضو فرمود: حاجتی داری؟

گفتم: غرض تشرّف به حضور شما است. فرمود: هر زمان که بخواهی، می توانی نزد من بیایی.
گفتم: گویا وقت شما مستغرق کار است. گفت: آری ولیکن برای تو هرگز مانعی نیست و این بیت را بخواند:

خلوت از اغیار باید نی ز یار / پوستین بهر دی آمد نی بهار
 و به اشاره او، بامداد دیگر روز، به خدمتش رفتم. نظری به من کرد و گفت: نه روز است که چیزی نخورده ای و جز به آب، روزه نگشوده ای، ولی در ریاضت هنوز ناقصی، زیرا که اثر گرسنگی در رخساره ات هویدا و ظاهر گشته و آنرا شکسته و فرسوده است، در حالیکه مرد کامل از چهل روز گرسنگی نیز چهره اش شکسته نمی شود.

با آن مرد بزرگ باب مذاکره بگشودم، و الحق او را دریایی موّاج از علوم ظاهری و باطنی یافتم.
گفتم: با این مایه از علوم، چرا چنین خلوت گزیده و به انزوا نشسته اید؟
فرمود: در آن زمان که پس از کسب اجازه اجتهاد از مراجع علمی وقت نجف اشرف به ایران باز می گشتم، به دوست خود گفتم: از این پس، تنها عالم بلند پایه قزوین، تنها من خواهم بود.

دوستم گفت: نه، چنین است که تو را با یک حمّال قزوینی تفاوتی نیست، زیرا اگر در رهگذری مردی به تو و یک حمّال جاهل از پشت سر دستی بزند، هر دو محتاجید که برای شناسائی صاحب دست سر بگردانید، در حالیکه سی سال درس و تحصیل باید که اینقدر روشنی به محصّل ارزانی داشته باشد که بدون باز پس نگریستن، زننده دست را بشناسد.
این سخن در دلم چنان اثر کرد که یکسره از خلق کناره گرفته و در انزوا به تزکیه نفس و تصفیه روح خود سرگرم شدم.
از آن سید بزرگوار پرسیدم: شنیده ام که وقتی، دست شما شکسته بوده و به دستور طبیب، زفت بر آن نهاده بودید و مقرر بود تا آن زفت به خودی خود، پوست را رها نکرده است، جدایش نسازید. گفت: آری چنین بود و چهارده روز زفت، دست مرا رها نکرد.

گفتم پس برای وضو در این مدت چه کردید؟ فرمود: از سوی خّلاق عالم و آفریننده گیتی، به طبیعت من امر آمد که عمل نکند و خواب هم به چشمم ننشیند و به اراده حضرت حق، در این مدت هیچ مبطلی عارض نگشت.

پس از آن فرمود: برای من گاهگاه حالتی عارض می شود که از خود بیخود می شوم و سر به بیابانها می گذارم و در کوه و صحراهای بی آب و علف در حالت نخستین می افتم و گاهی این احوال تا بیست روز به طول می انجامد. چون قصد مراجعت به شهر و آبادی می کنم، متوجه می شوم که از ضعف گرسنگی و تشنگی در اعضایم قوت بازگشت نیست.

دست به دعا برمی دارم که: الهی به عشق و محبت تو به اینجا افتاده ام و اینک قوّتی نیست که به شهر بازگردم. درحال، از غیب، گرده نانی و سبوی آبی ظاهر می شود که با تناول آن نیروئی به دست می آورم، سپاس حق می گزارم و به آبادی باز می گردم. »

احاطه بر علوم
فرزند ایشان می گوید:
در یادداشتی از ایشان چنین دیدم:

نیست علمی که مرا نیست در آن استقصا
ای بسا گنج که خوابیده به ویرانه ما است

ایشان از جمیع علوم ظاهری و باطنی بهره فراوان داشتند و معتقد بودند که بعد از علم توحید و ولایت و احکام شریعت(فقه) که تعلّم آن واجب است، تحصیل سایر علوم نیز لازم و ممدوح و جهل به آنها مذموم و ناپسند است و مراد از حرمت برخی از علوم و فنون، استعمال آنهاست، نه تحصیل و تعلم آنها.
مرحوم پدرم فقه و تفسیر و هیأت و ریاضیات را به طّلاب علوم تدریس می فرمودند ولی در فلسفه و علوم الهی با آنکه متبحّر کامل بودند، تدریسی نداشتند و می فرمودند طالب این علم باید که اخبار معصومین علیهم السلام را کاملاً مطالعه کرده باشد و علم طبّ را نیز بداند و در حین تحصیل، باید که به ریاضت و تزکیه نفس پردازد زیرا که:
« یزکیهم و یعلّمهم الکتاب و الحکمة - آل عمران/ 164 ».
« پیامبر، مردم را در آغاز تزکیه و تصفیه نموده، سپس کتاب و حکمت به ایشان می آموزد. »

ایشان قانون ابوعلی سینا را نزد طبیب معروف و مشهور عصر مرحوم حاج میرزا جعفر طبیب تحصیل و تعلم نمودند.
سفرهای جناب شیخ

مرحوم نخودکی در سال 1303 هجری قمری به سبب پیشامدی که در رابطه با ظل السلطان حاکم اصفهان برای ایشان رخ داد و منجر به تنبیه حاکم از طریق تصرفات نفسانی گردید ، از آن شهر رخت سفر بربستند و در بیست و چهار سالگی، تنها از اصفهان خارج شدند و به عزم مشهد مقدس قدم به راه گذاردند و این نخستین سفر ایشان به آن شهر منّور بود که به قصد زیارت مرقد مطهّر حضرت علی بن موسی الرضا علیه السلام صورت پذیرفت.

در همان روزهای اول سفر راه را گم می کنند و نزدیک غروب آفتاب، در کوه و بیابان سرگردان می شوند. در این حال به ذیل عنایت حضرت ثامن الحجج علیه السلام متوسل می گردند و عرضه می دارند:
« مولای من! آگاهی که قصد زیارت ترا داشته ام ولی در این وادی سرگردان شده ام. ترا توانائی یاری و مددکاری من هست. از من دستگیری فرما. »

پس از دقایقی به خدمت با سعادت حضرت خضر علیه السلام تشرّف حاصل می کنند و  راهنمائی می شوند و در کمتر از چند دقیقه هجده فرسنگ راه باقی مانده تا کاشان را، به مدد مولا، طی می کنند و وارد آن شهر می شوند.

باری، مدت توقف ایشان در شهر مقدس مشهد از یکسال کمتر به طول می انجامد که تمام این مدت را در حجره ای از حجرات صحن عتیق رضوی که ظاهراً اطاق فوقانی درب بازار سنگتراشان بوده است به تصفیه باطن اشتغال داشته اند.

سپس به اصفهان مراجعت می کنند و به سال 1304 هجری قمری، بار سفر به صوب نجف اشرف می بندند و مدتی نیز در آنجا به تحصیل علوم ظاهری و تزکیه نفس سرگرم بودند تا آنکه مجدداً به اصفهان باز می گردند.

در سال 1311 هجری قمری برای دومین بار، به ارض اقدس رضوی مسافرت و تا سال 1314 در آن شهر توقف می کنند. در این مدت در مدرسه حاج حسن و فاضل خان سکنی می گزینند ولی برای اشتغال به امور معنوی، حجره ای نیز در صحن عتیق به اختیار خود داشته اند.

در همین سفر، در مدتی بیش از یکسال، هر شب ختمی از قرآن مجید در حرم حضرت رضا علیه السلام قرائت می کرده اند و روزها در محضر علماء زمان به کسب علوم ظاهر همت می نموده اند.
مرحوم نخودکی می فرمایند :

« در همین سفر در آن زمان که در صحن عتیق رضوی به تزکیه مشغول بودم، روزی پیری ناشناس بر من وارد شد و گفت: یا شیخ دوست دارم که یک اربعین، خدمتت را کمر بندم.
گفتم: مرا حاجتی نیست تا به انجام آن پردازی. گفت: اجازه ده که هر روز کوزه آب را پر کنم. به اصرار پیر تسلیم شدم!
هر روز علی الصباح به در اطاق می آمد و می ایستاد و با کمال ادب می خواست تا او را به کاری فرمان دهم و در این مدت هرگز ننشست. چون چهل روز پایان یافت، گفت: یا شیخ من چهل روز ترا خدمت کردم، حال از تو توقع دارم تا یک روز مرا خدمت کنی. در ابتدا اندیشیدم که شاید مرد عوامی باشد و مرا به تکالیف سخت مبتلا کند، ولی چون یک اربعین با اخلاص به من خدمت کرده بود، با کراهت خاطر پذیرفتم.

پیر فرمان داد تا من در آستانه اتاق بایستم و خود در بالای حجره روی سجّاده من نشست و فرمان داد تا کوره و دم و اسباب زرگری برایش آماده سازم. این کار با آنکه بر من به جهاتی شاق و دشوار بود، به خاطر پیر انجام دادم و لوازمی که خواسته بود فراهم ساختم.
دستور داد تا کوره را آتش کنم و بوته بر روی آتش نهم و چند سکّه پول مس در بوته افکنم و آنگاه فرمود آنقدر بدمم تا مسها ذوب شود. از ذوب آن مسها آگاهش کردم.
گفت: خداوندا، بحق استادانی که خدمتشان را کرده ام، این مسها را به طلا تبدیل فرما و پس از آن به من دستور داد بوتــــه را در« رجه» خالی کن و سپس پرسید در رجه چه می بینی؟
دیدم طلا و مس مخلوط است. او را خبر دادم. گفت: مگر وضو نداشتی؟
گفتم: نه. فرمود تا همانجا وضو ساختم و دوباره فلز را در بوته ریختم و در کوره دمیدم تا ذوب شد و به دستور وی و پس از ذکر قسم پیشین، بوته را در « رجه» ریختم، ناگهان دیدم که طلای ناب است.

آنرا براشتیم و باتفاق، نزد چند زرگر رفتیم. پس از آزمایش، تصدیق کردند که زر خالص است. آنگاه طلا را به قیمت روز بفروخت و گفت: این پول را تو به مستحقان می دهی یا من بدهم؟

گفتم: تو به این کار اولی هستی. سپس با هم به در چند خانه رفتیم و پیر پول را تا آخرین ریال به مستحقان داد، نه خود برداشت و نه به من چیزی بخشید و بعد از آن ماجرا از یکدیگر جدا شدیم و دیگر او را ندیدم. »

مرحوم حاج شیخ حسنعلی اصفهانی مجدداً در سال 1315 قمری به اصفهان مراجعت نموده و پس از مدتی توقف به نجف اشرف تشرف حاصل کردند و تا سال 1318 در آن شهر سکنی گزیدند و در سنه 1319 بار دیگر به اصفهان بازگشتند پس از آن، سفری به شیراز کردند و چندی در آنجا مقیم شدند و در این مدت، قانون ابوعلی سینا را نزد طبیب معروف و مشهور عصر مرحوم حاج میرزا جعفر طبیب تحصیل و تعلم نمودند.